| ２０２１年度秋季大会 | 神宮大会 | ２１世紀枠推薦校 | 甲子園出場校 | 組み合わせ | トップへ |
| 浦和学院 （埼玉） | 浦和学院 ４－０ | 浦和学院 ７－０ | 浦和学院 ６－３ | 近江 ５－２ | 大阪桐蔭 18－１ |
| 大分舞鶴 （大分） |
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| 和歌山東 （和歌山） | 和歌山東 ８－２ |
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| 倉敷工 （岡山） |
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| クラーク国際 （北海道） | 九州国 際大付 ３－２ | 九州国 際大付 ４－１ |
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| 九州国際大付 （福岡） |
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| 広陵 （広島） | 広陵 ９－０ |
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| 敦賀気比 （福井） |
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| 長崎日大 （長崎） | 近江 ６－２ | 近江 ７－２ | 近江 ６－１ |
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| 近江 （滋賀） |
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| 二松学舎大付 （東京） | 聖光学院 ９－３ |
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| 聖光学院 （福島） |
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| 山梨学院 （山梨） | 木更津 総合 ２－１ | 金光大阪 ４－３ |
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| 木更津総合 （千葉） |
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| 日大三島 （静岡） | 金光大阪 ４－０ |
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| 金光大阪 （大阪） |
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| 高知 （高知） | 高知 ４－２ | 国学院 久我山 ６－３ | 国学院 久我山 ４－２ | 大阪桐蔭 13－４ |
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| 東洋大姫路 （兵庫） |
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| 国学院久我山 （東京） | 国学院 久我山 ４－２ |
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| 有田工 （佐賀） |
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| 星稜 （石川） | 星稜 ５－４ | 星稜 ６－２ |
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| 天理 （奈良） |
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| 只見 （福島） | 大垣日大 ６－１ |
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| 大垣日大 （岐阜） |
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| 花巻東 （岩手） | 市和歌山 ５－４ | 市和歌山 ２－１ | 大阪桐蔭 17－０ |
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| 市和歌山 （和歌山） |
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| 大島 （鹿児島） | 明秀日立 ８－０ |
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| 明秀日立 （茨城） |
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| 丹生 （福井） | 広島商 22－７ | 大阪桐蔭 不戦勝 |
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| 広島商 （広島） |
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| 鳴門 （徳島） | 大阪桐蔭 ３－１ |
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| 大阪桐蔭 （大阪） |
| ▽１回戦 | |||||
| 浦和学院 | （埼玉） | － | 大分舞鶴 | （大分） | 県別対戦 |
| 和歌山東 | （和歌山） | － | 倉敷工 | （岡山） | 県別対戦 |
| クラーク国際 | （北海道） | － | 九州国際大付 | （福岡） | 県別対戦 |
| 広陵 | （広島） | － | 敦賀気比 | （福井） | 県別対戦 |
| 長崎日大 | （長崎） | － | 近江 | （滋賀） | 県別対戦 |
| 二松学舎大付 | （東京） | － | 聖光学院 | （福島） | 県別対戦 |
| 山梨学院 | （山梨） | － | 木更津総合 | （千葉） | 県別対戦 |
| 日大三島 | （静岡） | － | 金光大阪 | （大阪） | 県別対戦 |
| 高知 | （高知） | － | 東洋大姫路 | （兵庫） | 県別対戦 |
| 国学院久我山 | （東京） | － | 有田工 | （佐賀） | 県別対戦 |
| 星稜 | （石川） | － | 天理 | （奈良） | 県別対戦 |
| 只見 | （福島） | － | 大垣日大 | （岐阜） | 県別対戦 |
| 花巻東 | （岩手） | － | 市和歌山 | （和歌山） | 県別対戦 |
| 大島 | （鹿児島） | － | 明秀日立 | （茨城） | 県別対戦 |
| 丹生 | （福井） | － | 広島商 | （広島） | 県別対戦 |
| 鳴門 | （徳島） | － | 大阪桐蔭 | （大阪） | 県別対戦 |
| ▽２回戦 | |||||
| 浦和学院 | （埼玉） | － | 和歌山東 | （和歌山） | 県別対戦 |
| 九州国際大付 | （福岡） | － | 広陵 | （広島） | 県別対戦 |
| 近江 | （滋賀） | － | 聖光学院 | （福島） | 県別対戦 |
| 木更津総合 | （千葉） | － | 金光大阪 | （大阪） | 県別対戦 |
| 高知 | （高知） | － | 国学院久我山 | （東京） | 県別対戦 |
| 星稜 | （石川） | － | 大垣日大 | （岐阜） | 県別対戦 |
| 市和歌山 | （和歌山） | － | 明秀日立 | （茨城） | 県別対戦 |
| 広島商 | （広島） | － | 大阪桐蔭 | （大阪） | 県別対戦 |
| ▽準々決勝 | |||||
| 浦和学院 | （埼玉） | － | 九州国際大付 | （福岡） | 県別対戦 |
| 近江 | （滋賀） | － | 金光大阪 | （大阪） | 県別対戦 |
| 国学院久我山 | （東京） | － | 星稜 | （石川） | 県別対戦 |
| 市和歌山 | （和歌山） | － | 大阪桐蔭 | （大阪） | 県別対戦 |
| ▽準決勝 | |||||
| 浦和学院 | （埼玉） | － | 近江 | （滋賀） | 県別対戦 |
| 国学院久我山 | （東京） | － | 大阪桐蔭 | （大阪） | 県別対戦 |
| ▽決勝 | |||||
| 近江 | （滋賀） | － | 大阪桐蔭 | （大阪） | 県別対戦 |