| ２０２５年度秋季大会 | 神宮大会 | ２１世紀枠推薦校 | 甲子園出場校 | 組み合わせ | トップへ |
| 帝京 （東京） | 帝京 ４－３ | 中京大中京 ９－４ | 中京大中京 ２－１ | 智弁学園 ２－１ | 大阪桐蔭 ７－３ |
| 沖縄尚学 （沖縄） |
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| 阿南光 （徳島） | 中京大中京 ３－１ |
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| 中京大中京 （愛知） |
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| 八戸学院光星 （青森） | 八戸学院光星 15－６ | 八戸学院光星 ５－４ |
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| 崇徳 （広島） |
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| 滋賀学園 （滋賀） | 滋賀学園 ５－４ |
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| 長崎西 （長崎） |
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| 横浜 （神奈川） | 神村学園 ２－０ | 智弁学園 ２－１ | 智弁学園 12－８ |
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| 神村学園 （鹿児島） |
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| 花巻東 （岩手） | 智弁学園 ４－０ |
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| 智弁学園 （奈良） |
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| 東洋大姫路 （兵庫） | 花咲徳栄 ３－２ | 花咲徳栄 17－０ |
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| 花咲徳栄 （埼玉） |
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| 高知農 （高知） | 日本文理 ８－１ |
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| 日本文理 （新潟） |
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| 北照 （北海道） | 専大松戸 ４－０ | 専大松戸 ８－３ | 専大松戸 ２－１ | 大阪桐蔭 ３－２ |
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| 専大松戸 （千葉） |
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| 神戸国際大付 （兵庫） | 九州国際大付 ４－３ |
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| 九州国際大付 （福岡） |
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| 近江 （滋賀） | 大垣日大 ２－１ | 山梨学院 ３－１ |
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| 大垣日大 （岐阜） |
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| 山梨学院 （山梨） | 山梨学院 ５－３ |
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| 長崎日大 （長崎） |
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| 東北 （宮城） | 東北 ５－１ | 英明 ６－３ | 大阪桐蔭 ４－３ |
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| 帝京長岡 （新潟） |
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| 高川学園 （山口） | 英明 ５－３ |
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| 英明 （香川） |
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| 三重 （三重） | 三重 ２－０ | 大阪桐蔭 ６－５ |
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| 佐野日大 （栃木） |
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| 熊本工 （熊本） | 大阪桐蔭 ４－０ |
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| 大阪桐蔭 （大阪） |
| ▽１回戦 | |||||
| 帝京 | （東京） | － | 沖縄尚学 | （沖縄） | 県別対戦 |
| 阿南光 | （徳島） | － | 中京大中京 | （愛知） | 県別対戦 |
| 八戸学院光星 | （青森） | － | 崇徳 | （広島） | 県別対戦 |
| 滋賀学園 | （滋賀） | － | 長崎西 | （長崎） | 県別対戦 |
| 横浜 | （神奈川） | － | 神村学園 | （鹿児島） | 県別対戦 |
| 花巻東 | （岩手） | － | 智弁学園 | （奈良） | 県別対戦 |
| 東洋大姫路 | （兵庫） | － | 花咲徳栄 | （埼玉） | 県別対戦 |
| 高知農 | （高知） | － | 日本文理 | （新潟） | 県別対戦 |
| 北照 | （北海道） | － | 専大松戸 | （千葉） | 県別対戦 |
| 神戸国際大付 | （兵庫） | － | 九州国際大付 | （福岡） | 県別対戦 |
| 近江 | （滋賀） | － | 大垣日大 | （岐阜） | 県別対戦 |
| 山梨学院 | （山梨） | － | 長崎日大 | （長崎） | 県別対戦 |
| 東北 | （宮城） | － | 帝京長岡 | （新潟） | 県別対戦 |
| 高川学園 | （山口） | － | 英明 | （香川） | 県別対戦 |
| 三重 | （三重） | － | 佐野日大 | （栃木） | 県別対戦 |
| 熊本工 | （熊本） | － | 大阪桐蔭 | （大阪） | 県別対戦 |
| ▽２回戦 | |||||
| 帝京 | （東京） | － | 中京大中京 | （愛知） | 県別対戦 |
| 八戸学院光星 | （青森） | － | 滋賀学園 | （滋賀） | 県別対戦 |
| 神村学園 | （鹿児島） | － | 智弁学園 | （奈良） | 県別対戦 |
| 花咲徳栄 | （埼玉） | － | 日本文理 | （新潟） | 県別対戦 |
| 大垣日大 | （岐阜） | － | 山梨学院 | （山梨） | 県別対戦 |
| 東北 | （宮城） | － | 英明 | （香川） | 県別対戦 |
| 三重 | （三重） | － | 大阪桐蔭 | （大阪） | 県別対戦 |
| 専大松戸 | （千葉） | － | 九州国際大付 | （福岡） | 県別対戦 |
| ▽準々決勝 | |||||
| 中京大中京 | （愛知） | － | 八戸学院光星 | （青森） | 県別対戦 |
| 智弁学園 | （奈良） | － | 花咲徳栄 | （埼玉） | 県別対戦 |
| 専大松戸 | （千葉） | － | 山梨学院 | （山梨） | 県別対戦 |
| 英明 | （香川） | － | 大阪桐蔭 | （大阪） | 県別対戦 |
| ▽準決勝 | |||||
| 中京大中京 | （愛知） | － | 智弁学園 | （奈良） | 県別対戦 |
| 専大松戸 | （千葉） | － | 大阪桐蔭 | （大阪） | 県別対戦 |
| ▽決勝 | |||||
| 智弁学園 | （奈良） | － | 大阪桐蔭 | （大阪） | 県別対戦 |